Sekretarijat Ministarstva obavlja poslove od zajedničkog interesa za Ministarstvo koji se odnose na: opšte, analitičke, stručno – operativne, statističko – evidencione, dokumentacione, kancelarijsko – administrativne, informatičke, finansijske, računovodstvene, javne nabavke, rukovanje opremom, i druge poslove iz delokruga Sekretarijata.

U Sekretarijatu Ministarstva obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:

1. Odsek za opšte i administrativne poslove,
2. Odsek za ekonomsko – finansijske poslove,
3. Grupa za javne nabavke,
4. Odsek za informacione tehnologije.

1.Odsek za opšte i administrativne poslove obavlja poslove koji se odnose na: pripremu, izradu, praćenje i realizacije opštih i pojedinačnih akata koji se odnose na organizaciju i rad Ministarstva i pripremu ugovora i aneksa ugovora iz delokruga Odseka, a koji su od zajedničkog interesa za celo Ministarstvo; učešće u sprovođenju postupaka javnih nabavki za sevisiranje i održavanje vozila i mobilne telefonije i pripremu predlog finansijskih sredstava za održavanje istih; pripremu obaveštenja i informacija, u vezi sa promenema u radu Sekretarijata i ostalih užih unutrašnjih jedinica u Ministarstvu; planiranje i preduzimanje aktivnosti koje se odnose na ostvarivanje bezbednosti i zdravlja na radu; pripremu postupka popisa imovine; vođenje evidencije imovine Ministarstva i saradnju sa Republičkom direkcijom za imovinu radi dostavljanja podataka iz evidencije o imovini Ministarstva; planiranje i preduzimanje aktivnosti u oblastima odbrane i vanrednih situacija,  rad sa poverljivim informacijama iz oblasti odbrane, kao i saradnju sa drugim državnim organima i organizacijama u ovoj oblasti; sprovođenje propisa koji uređuju oblast uzbunjivanja; organizaciju službenih putovanja u zemlji i inostranstvu; vođenje evidencije o rasporedu osnovnih sredstava u poslovnim prostorijama, kao i zaduživanje i razduživanje zaposlenih sa osnovnim sredstvima; organizovanje tekućeg održavanja opreme; koordinaciju poslova za nesmetano korišćenje usluga fiksne i mobilne telefonije; izradu mesečnih i godišnjih planova sa iskazanim potrebama za nabavku potrošnog materijala, kao i distribuciju potrošnog materijala; organizaciju korišćenja voznog parka poljoprivredne inspekcije; staranje o tehničkoj ispravnosti, održavanju i registraciji službenih vozila poljoprivredne inspekcije; evidenciju o utrošku goriva za službene automobile poljoprivredne inspekcije; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

2.Odsek za ekonomsko – finansijske poslove obavlja poslove koji se odnose na: učešće u pripremi i izradi predloga priloga za memoranduma o budžetu, Predloga godišnjeg finansijskog plana za izradu zakona o budžetu, operativnih finansijskih planova i završnog računa; praćenje realizacije budžeta po ekonomskim klasifikacijama i izrada periodičnih i godišnjih izveštaja o realizaciji budžeta i finansijskog plana; izradu analiza i informacija koje služe kao stručna osnova za utvrđivanje, planiranje i sprovođenje finansijske politike; pripremu finansijske  dokumentacije za realizaciju isplata; obradu podataka za isplatu drugih primanja i naknada zaposlenih i angažovanih lica, nabavku osnovnih sredstava, opreme i kancelarijskog materijala, službena putovanja zaposlenih u zemlji i inostranstvu; utvrđivanje evidencije o realizaciji finansijskih transakcija; kontrolu računovodstvenih isprava; vođenje poslovnih knjiga i usklađivanja sa glavnom knjigom Trezora; organizaciju i vršenje finansijskih i funkcija isplata svih Programa koji definišu uslove i načine subvencionisanja poljoprivrede, a odnose se na: unapređenje institucionalne podrške razvoja poljoprivrede, mere strukturne podrške u poljoprivredi, mere selekcije, unapređenje rada poljoprivrednih savetodavnih stručnih službi, subvencionisanje mera i akcija u poljoprivredi, kao i mera koje definišu unapređenje stručnog znanja i usavršavanja u poljoprivredi; pripremu godišnjih i mesečnih bilansa potrebnih za finansiranje subvencija u poljoprivredi; praćenje stanja i izradu ekonomske analize u oblasti finansiranja subvencija u poljoprivredi; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

3.Grupa za javne nabavke  obavlja poslove koji se odnose na: pripremu predloga plana nabavki Ministarstva i predloga izmena plana nabavki; koordinaciju aktivnosti na izradi i usvajanju godišnjeg plana nabavki ministarstva; izradu internog akta kojim se bliže uređuje postupak javne nabavke i praćenje sprovođenja internog akta; određivanje dinamike pokretanja postupaka  nabavki, određivanje odgovarajuće vrste postupaka i utvrđivanje istovrsnosti dobara, usluga i radova; pripremu predloga odluka, rešenja, ugovora, obaveštenja, konkursne dokumentacije i drugih akata u postupku javne nabavke za potrebe Ministarstva; vođenje evidencije o zaključenim ugovorima o  nabavkama i dostava zaključenih ugovora licima određenim za   ralizaciju i praćenje realiacije ugovora; praćenje izvršenja plana nabavki po različitim  kriterijumima; izveštavanje o izvršenju plana nabavki  i dostavljanje istih Upravi za javne nabavke;  izradu modela konkursne dokumentacije; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

4.Odsek za informacione tehnologije obavlja poslove koji se odnose na: kreiranje i primenu globalne strategije razvoja informacione tehnologije u cilju zadovoljenja trenutnih i budućih potreba Ministarstva;  planiranje, razvoj i unapređenje programskog, sistemskog, mrežnog i tehničkog sistema Ministarstva u skladu sa aktuelnim informatičkim trendovima; projektovanje i implementaciju arhitekture informacionog sistema; organizovanje i utvrđivanje metodologije i postupaka za administriranje operativnih sistema, softvera za upravljanje bazama podataka, softvera za razne vrste zaštita, kao i drugih programskih rešenja; razvoj i održavanje standarda i procedura neophodnih da se obezbedi primena najvišeg nivoa kontrole kvaliteta svih elektronskih podataka, njihova transparentnost i zaštita u skladu sa važećom zakonskom regulativom; razvoj sistema za nesmetan i kvalitetan protok informacija između sektora, organa uprave u sastavu Ministarstva i drugih unutrašnjih jedinica; izradu planova i predloga za nabavku nove računske i komunikacione opreme; preuzimanje, raspodelu i instaliranje nove opreme; organizovanje i utvrđivanje postupaka za administriranje i održavanje računarske i mrežne opreme; učešće u izradi i realizaciji projekata iz domena informatike u kojima učestvuje više ministarstava ili projekata koji proizilaze iz ugovora o međunarodnoj saradnji; planiranje i obuku krajnjih korisnika informacionog sistema, održavanje i razvoj projektno-programske dokumentacije; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.