Odeljenje poljoprivredne inspekcije za kontrolu podsticajnih sredstava u poljoprivredi, organsku proizvodnju i stočarstvo obavlja poslove inspekcijskog nadzora nad primenom zakona i drugih propisa koji se odnose na: ostvarivanje programa mera za unapređenje poljoprivredne proizvodnje i stočarstva; kontrolu isplate premija, regresa i drugih subvencija i podsticajnih sredstava namenjenih unapređenju poljoprivredne proizvodnje i stočarstva i sredstava za podsticaj izvoza poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda; ostvarivanje programa mera selekcije za unapređenje stočarstva; kontrolu uključivanja poljoprivrednog zemljišta u organsku biljnu proizvodnju; kontrolu ispunjenosti uslova za zasnivanje organske proizvodnje biljnog porekla, organske stočarske proizvodnje i organske proizvodnje vina, rakije i drugih alkoholnih pića, piva i bezalkoholnih pića; kontrolu metoda tehnoloških postupkaka u preradi, skladištenju, pakovanju i prevozu organskih proizvoda; kontrolu ispunjenosti uslova za ovlašćivanje sertifikacionih organizacija za organsku proizvodnju; kontrola kontrole kvaliteta hrane za životinje biljnog porekla koju je obavezan da vrši proizvođač; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

U Odeljenju poljoprivedne inspekcije za kontrolu podsticajnih sredstava u poljoprivredi, organsku proizvodnju i stočarstvo obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:

1. Grupa poljoprivedne inspekcije za kontrolu podsticajnih sredstava u poljoprivredi i stočarstvu,
2. Grupa poljoprivedne inspekcije za organsku proizvodnju.

1. Grupa poljoprivedne inspekcije za kontrolu podsticajnih sredstava u poljoprivredi i stočarstvu obavlja poslove inspekcijskog nadzora nad primenom zakona i drugih propisa koji se odnose na: ostvarivanje programa mera za unapređenje poljoprivredne proizvodnje i stočarstva; kontrolu isplate premija, regresa i drugih subvencija i podsticajnih sredstava namenjenih unapređenju poljoprivredne proizvodnje i stočarstva i sredstava za podsticaj izvoza poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda; ostvarivanje programa mera selekcije za unapređenje stočarstva; utvrđivanje ciljeva i praćenje sprovođenja odgajivačkih programa; kontrolu produktivnosti i očuvanja osobina domaćih životinja; gajenje domaćih životinja, gajenje pčela, akvakultura, gajenje divljači, očuvanje genetskih rezervi domaćih životinja i biološke raznovrsnosti u stočarstvu; kontrolu vođenja glavne knjige i ostale propisane evidencije po vrstama stoke; kontrolu ispunjenosti uslova za obavljanje poslova u stočarstvu; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

2. Grupa poljoprivedne inspekcije za organsku proizvodnju bavlja poslove inspekcijskog nadzora nad primenom zakona i drugih propisa koji se odnose na: kontrolu organske biljne i stočarske proizvodnje, postupaka prerade, sastojaka, aditiva i pomoćnih supstanci, sredstava za čišćenje i načina čišćenja tehnoloških linija; kontrolu zabrane upotrebe hrane, hrane za životinje, pomoćnih sredstava u preradi, reproduktivnog materijala, mikroorganizama i životinja koji su genetski modifikovani ili su dobijeni od GMO ili pomoću GMO; kontrolu obeležavanja proizvoda sa organskim statusom i proizvoda iz perioda konverzije; kontrolu skladištenja, prevoza, prometa, uvoza i izvoza organskih proizvoda; kontrolu ispunjenosti uslova organizacija za obavljanje poslova kontrole i sertifikacije u organskoj proizvodnji; uzorkovanje i preduzimanje mera i radnji kojima se sprečavaju  nezakonite aktivnosti; obavlja i druge poslove iz ove oblasti